멋쟁이천재사자

지난 포스트에서 저반향병변의 개념과 구현되어 있던 소스 일부를 소개했습니다. 레지스트리 개념 저반향 병변 (hypoechoic lesion) 개념 소스(SQL) 분석 직전 포스팅에 소스코드 일부를 살펴보았지만, 전체 소스 코드는 너무 복잡하고 길어서 하나하나 순서대로 보는 것은 비효율적입니다. 이번 포스팅에서는 파싱 결과 데이터에서 역추적하면서 관련 로직을 분석하는 예시를 공유해 보겠습니다. 1. anechoic 이라는 표현이 포함된 검사지는 Positive? anechoic 이라는 표현이 들어간 판독지들을 조회(select)해보았습니다. 결과 건수는 몇십 건 정도입니다. 그런데 hypoechoic lesion 이 Positive가 아닌 다른 값(Negative, 확인필요)으로 분류된 것들이 다수 있습니..

지난 포스트에서 데이터개발 이야기에 앞서 레지스트리와 저반향병변의 개념을 소개했습니다. 레지스트리 개념 저반향 병변 (hypoechoic lesion) 개념 이번 데이터개발은 기존에 이미 개발이 상당 부분 진행되어 있었기에, 해당 부분을 파악하고 필요한 추가작업을 진행하는 업무입니다. 기존에 진행되어 있는 부분에 대해서는 sql 소스만 있을 뿐 더 이상의 산출물이 없는 관계로 sql 을 보고 일일이 살펴보아야 했습니다. 1. 분석 대상 샘플 (예시) 영상검사 결과 영상을 전문의가 판독하여 텍스트로 작성한 판독지가 파싱의 대상입니다. 예컨대, 아래와 같은 내용이 포함되어 있습니다. Hx. : high PSA (terminal dribbling - ) * prostate size : 21.7 g * tran..

데이터개발 이야기에 앞서 레지스트리의 의미를 지난포스트에서 알아보았습니다. 그럼 이제 저반향병변 즉 hypoechoic lesion 이 무슨 의미인지 공부해보겠습니다. 전립선 비대증이나 전립선 암을 진단하기 위해서 초음파검사를 하는데요, 검사 결과 판독지 샘플을 하나 찾아보았습니다. 검사명이 US (초음파) Guided Transrectal (경직장) 어쩌구 저쩌구 하네요. 의대와는 거리와 먼 개발자의 의견입니다만, "똥꼬를 통과해서 하는 초음파 검사" 즉 TRUS 검사라고 생각이 드네요. 출처 : https://blog.naver.com/jfeelgood/222595026391 판독지 위쪽에 * hypoechoic lesion : (-) 이라고 보이시나요? 판독 항목 5번째 줄이요. 그렇습니다. 바로 ..

전립선암 레지스트리 구축중인데요, 영상검사 관련 정보들 중에 "저반향병변" 영어로는 hypoechoic lesion 이라는 항목이 있습니다. 한글(저반향병변)이나 영어(hypoechoic lesion) 둘 다 어렵기는 마찬가지입니다. 그 전에 먼저 레지스트리가 뭔지부터 궁금하실 것 같아요. 1년전 이 곳에서 업무를 시작했을 때 레지스트라는 업무를 담당한다고 들었고 뭔소린가 했습니다. 설명을 들었지만 알쏭 달쏭했어요. 레지스트리? 영어사전에서 registry 를 찾아보면 등기소, 등록소라고 나옵니다. IT 를 오래한 저에게 가장 익숙한 개념은 윈도우즈 레지스트리입니다. regedit 해보면 나오잖아요 컴퓨터\HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\La..

PSA Nadir 개념 PSA nadir 는 전립선비대증이나 전립선암 치료(수술이나 RT)후에 측정한 PSA 수치중 최저값을 의미합니다. 개념은 단순한 것 같지만, SQL 개발을 위한 엄밀한 정의는 복잡해집니다. 최저값 산출의 대상이 되는 범위 결정이 필요합니다. 치료 이후부터 언제까지를 대상으로 할지가 문제입니다. 치료 이후 결과가 좋아서 0.3 최저 찍고 치료를 종료하였는데 몇 년이 지나 재발하여 다시 증가해서 치료받고 예전 최저치보다 더 낮은 수치인 0.1로 떨어졌다고 가정해보죠. 여기에서 구하고자 하는 최저치는 0.1 이 아닌 0.3 입니다. PSA 수치도 검사 장비의 성능에 따라 정밀도가 달라지므로, 어느 정도 수준으로 판단할지도 정리가 필요할 수 있습니다. 0.01 수준으로 측정되는 장비를 사..

의학은 쥐뿔도 모르지만 전립선암을 열심히 공부하고 있는 멋쟁이천재사자입니다. 오늘은 Risk stratification 을 좀 뜯어보려고 해요. 출처 : https://www.targetedonc.com/view/nccn-prostate-cancer-guidelines-emphasize-risk-stratification 어우 복잡합니다. 8개의 Risk Group 을 하나 하나씩 살펴볼게요 Very low All of the following: 4가지 조건을 모두 충족해야 함 T1c Gleason score

의학은 쥐뿔도 모르지만 전립선비대증을 열심히 공부하고 있는 멋쟁이천재사자입니다. Wiki 자료를 보면 IPSS 는 7개로 시작되었다가 나중에 삶의 질 관련 항목이 추가되어 총 8개로 구성되었다고 합니다. BPH 관련 7가지 질문에 대해서는 기억하기 쉽게 FUN WISE 라는 니모닉도 소개하고 있어요 FUN 은 저장 기능, WISE 는 배출 기능 관련 질문이네요 영어가 되시는 분은 아래 링크를 직접 열어보세요 It contains seven questions related to symptoms related to BPH and one question related to the patient's perceived quality of life. Created in 1992 by the American Urol..

의학은 쥐뿔도 모르지만 전립선암을 열심히 공부하고 있는 멋쟁이천재사자입니다. 검사를 할지 여부는 NCCN 가이드라인에 따르면 Risk Group 에 따라 달라져야 합니다. 분자진단이나 유전자검사는 조기 진단이나 정확도 측면에서 효과가 좋은 반면 비용은 많이 드나 봐요. 그래서 불필요한 진단이나 치료를 막기 위해 NCCN에서는 가이드라인을 만들었네요. High 이상의 Risk Group 은 유전자검사를 고려해야 하지만, 그렇지 않은 그룹은 강한 가족력이 있는 경우에만 고려할 필요가 있어요. 분자진단은 대개는 권장하지 않지만,기대 수명이 10년 이상이고 Risk Group 이 중간 이하일 때 고려할 필요가 있다네요. 어떤 Risk Group 에 속하는지는 조직검사 결과와 혈액검사 결과 등을 종합해서 판단해야..

의학은 쥐뿔도 모르지만 위암을 열심히 공부하고 있는 멋쟁이천재사자입니다. 오늘은 글자와 의미가 비슷해 보여서 헷갈리는 EMR 과 ESD 에 대해서 공부를 했어요. 1. 어떤 말의 줄인 말일까요 EMR = Endoscopic Mucosal Resection ESD = Endoscopic Submucosal Dissection 2. 구성하고 있는 단어의 뜻은? 생소한 영어 단어를 사전(NAVER 사전)에서 찾아보았어요. 사전을 보아도 어렵기는 마찬가지입니다. resection 외과 절제(술) dissection 해부를 위한 절개 mucosal 점막 submucosal 해부 submucous 점막하(조직)의 3. 저는 이렇게 이해할래요 EMR 은 내시경인데 피부 점막을 살짝 잘라낸다(mucosal resect..

1. 용어 이해 "carcinoma"는 상피조직에서 발생하는 암종을 이야기하며, "adenocarcinoma"는 점액 소화액과 같은 물질을 생성하는 샘(gland)에서 기원한 악성종양을 의미합니다. 대장암의 경우 대장과 직장에 점액을 분비하고 수분을 흡수하는 수많은 샘이 있기 때문에 압도적으로 샘암종(adenocarcinoma)이 많이 발생합니다. 암보험에서는 조직 검사지에 "carcinoma" 라고 기재되어 있다면, 암 진단비를 검토하여야 합니다. 2. 조직 검사지 조직 검사지에 다음과 같은 데이터가 있다고 가정해보겠습니다. CASENO STR 1 tubular adenocarcinoma, moderately differentiated 2 Histologic type; poorly cohesive ca..